大学院生になる前までは、東京に行ったことが数える程度しかありませんでした。
転職活動で１回とプライベートな用事で１回くらいで、どちらもLCCで行っていました。ある程度日程がわかっていて早くから席を取る余裕があるなら、LCCがなんだかんだ言って最安だと思います。

少し前の記憶なので曖昧ですが、片道１万円以下で自宅から東京までリムジンバスと飛行機を乗り継いで行けたと思います。
発着数が少ないので、時間的な制約は出ますが、ちょうどいい時間帯に行ければ時間もそこまでかからない上に、非日常感が味わえて楽しいです。

大学院にスクーリングに行くときは、LCCが使えません。
理由としては、万が一結構になった時に自分の予定で相手が動いてくれないから。
また、時間的にLCCの時間と合わないことが多いから。
と言うのが理由にあげられます。

そこで、今まで大阪から東京まで３つのパターンで新幹線に乗っていってきました。
①ぷらっとこだま　で往復する
②東京ブックマークの日帰りプランで往復する
③単純にのぞみやひかりで往復する

それぞれのメリットデメリットを上げて行くと
①ぷらっとこだま　
メリット
新幹線利用で最安値で大阪東京間を移動することが出来るはずで、申込期間も前日まで席が空いていれば可能なので、直前に決まってもチケットの手配をすることが出来ます。
片道１０５００円で乗車券特急券とワンドリンク付きになります。
デメリット
こだましか乗れないので、４時間近く掛かってしまう。
繁忙期だと１２０００円以上掛かってしまうので、時間と値段のバランスが悪くなってしまう。
こだまはコンセントが無いため、ノートパソコンで作業するときに困る
乗り遅れで救済してもらえない

②東京ブックマーク
メリット
日帰りプランや宿泊プランなど利用方法によって選び分けが出来る
安い時だと往復で２万円以下の時もありぷらっとこだまより安くなる時がある。
買い物券や入場チケットなどセットになっており値段以上にお得感がある
デメリット
土日などは早く埋まってしまう場合があり、早め早めに行動しないといけない。
値段幅が結構あるので、安い！と思ってプランを見るとド平日の値段だったりする。
利用できる便が決まっているため、時間の制約がある
乗り遅れなどで救済してもらえない

③個人で新幹線予約する
メリット
いろいろな時間帯の便から自由に選べるため、着きたい時間が決まっている時に便利
座席も自分で選択できるので、コンセントがある席や一番後ろなど空いていれば自由に決められる
乗り遅れてもJRの救済措置を使えるのでお金が無駄になることが無い
デメリット
割引などがあまりないので、ほぼ定価で買うしかない

以上が東京大阪間を新幹線移動した感想です。

初めのうちは乗り慣れない新幹線にワクワクしたけど、３回目くらいになると面白さなんて全くない。２時間とか３時間の移動ですら苦痛になってくる(笑)